На 22 април 1915 година, Јане Сандански беше убиен во заседа на патот од Мелник кон Неврокоп, денешен Гоце Делчев. Телото на застреланиот Сандански, познат како Пиринскиот цар, Сандан паша и Старикот (18 мај 1872 – 22 април 1915), до Роженскиот манастир го пренеле луѓето од еден караван, кои го пронашле, а неговите следбеници – пиринци го погребале зад олтарот на црквата „Свети Кирил и Методиј“, како што се погребуваат владици и високи црковни великодостојници.
Запуштена и затворена, денес, црквата изградена во 1914 година под ктиторство на самиот Сандански, е нем сведок на една бурна историја на Пиринскиот крај и на самиот Јане Сандански кој долги години битисувал во закрилата на Роженскиот манастир. Во мелничката шума на Пирин Планина, пак, на местото каде што е извршено убиството и каде што буквално лежело телото на ликвидираниот револуционер, жесток борец за автономна и независна Македонија.
Јане Сандански ја застапува идејата дека: „македонскиот народ е самостоен народ кој има право на самостоен живот“ и затоа “треба да се борат за издвојување на својата слобода без да се надеваат на туѓа помош, зошто оние кои ќе дојдат да ги ослободат, всушност ќе дојдат да не заробат“.
Проблемите во Серскиот како и во другите револуционерни окрузи ќе бидат причина за свикување на Рилскиот конгрес во 1905 година, на кој учествувал Сандански. Таму доаѓаат до израз разидувањата: „„…Двата востанички комитети меѓусебно се уништуваат. Цончев го предводи врховистичкиот, а Сандански централистичкиот комитет, односно внатрешната организација. Сандански се прикажува како единствен претставник, Македонец.
Тој си поставил за цел од Македонија да создаде независна држава, која единствено би можела да влезе во составот на „Балканска федерација“, кога таквата сомнителна творба еднаш би се создала. Цончев од своја страна тежи да создаде „Бугарска автономна Македонија“, која потоа би се соединила со Кнежевството Бугарија“, ќе напише во својата статија д-р Карло Блинд објавена во весникот „Пал-Мал Газете“ од 5 јули 1905 година.
Јане Сандански-Пиринскиот цар
На 5 јули 1905 година, д-р Карло Блинд, противник на македонската идеја, во лондонскиот весник Пал Мал Газете објавил текст кој од битолско не води во спротивниот крај на Македонија под контрола на Јане Сандански. Блинд расправајќи се со идејата на Сандански за независна Македонија вели дека таа не е оправдана, па оттука било залудно „Македонскиот комитет да се обидува да создаде јазик единствен за сите“. Тоа што нас не интересира, следи во следните редови на Блинд:
„Учените од Комитетот на Сандански создаваат граматика на македонски јазик како јазик на целата област. Дијалектот на битолскиот вилает се земал за основа на тој нов македонски есперанто. Новиот македонски јазик требало да го истисне српскиот и бугарскиот јазик од Македонија, бидејќи македонскиот јазик бил различен од тој што се зборувал во Бугарија и Србија“.
Ова веќе внесува поинаква димензија на целиот случај. Потребата еден Англичанец да ја напаѓа оваа идеја укажува на тоа дека станувало збор за многу посериозен проект, кој очигледно излегувал од битолските рамки и ја покривал цела Македонија.
По Рилскиот конгрес и целосниот расцеп во Организацијата, Сандански целата своја дејност ја заснова на самостојноста на Македонското ослободително движење. Тоа е причина повеќе на 24 септември 1908 година во Солун, една група, испратена од Софија на чело со војводата Тане Николов, да изврши атентат врз Јане Сандански, при што е тој ранет.
Ова е резултат и на решението на Македонската десница по убиствата на Борис Сарафов и на Иван Гарванов една година претходно, во 1907 година, кои, според историографите ги има нарачано Јане Сандански. Нешто подоцна групите на Сандански и Чернопеев ја формираат Народната федеративна партија, во која зазема активно учество во создавањето и раководењето. Нејзината програма предвидувала Отоманската империја да се реформира како Источна федерација и да се образуваат самоуправни вилаети: Македонија, Албанија, Ерменија. На 14 август 1909 година само четири дена по основачкиот конгрес на НФП, пак во Солун, бил извршен втор обид за убиство на Сандански.
Јане Сандански, бележи историјата, не сопрел. Во 1908 година соработувал со младотурците и се залага за автономна Македонија и легален политички живот. За тоа зборува неговиот манифест од 18 јули 1908 година во кој ги поканува малдотурците за соработка. Кога реакционерните сили го презеле турскиот парламентот, кон силите на Младотурците се приклучил и одред од 1200 македонски револуционери предводени од Јане Сандански, Тодор Паница и Христо Чернопеев.
Тие учествуваат во Младотурскиот поход на Цариград и по тридневни борби, на 24 април 1909 година, контрареволуцијата била совладана. Македонските револуционери со својата храброст одиграле важна улога во совладувањето на реакционерните сили и во детронирањето на султанот Абдул Хамид II.
Јане Сандански учествувал и во Првата балканска војна, на страната на Балканскиот сојуз со јасно изразени цели за самостојна македонска држава. На 30 октомври 1912 година со своите чети го ослободил Мелник, а со својата чета прв влегува во Солун, веднаш по предавањето на градот на Грците од страна на Таксим паша на 8-ми ноември 1912 година.
Јане Сандански-Пиринскиот цар
Во здравицата на банкетот одржан по повод ослободувањето на Солун, Сандански рекол: „ Да пиеме за слободна и автономна Македонија за која се бореа и дадоа скапи жртви сојузените балкански народи“, неосврнувајќи се на гневот што го предизвикал. И за време на Втората балканска војна, кога Грците го запалиле Кукуш, Јане Сандански наново ја собрал четата и ја зазел Рупелската клисура. Со тоа ги прекинал врските на грчката војска, што овозможило таа да биде поразена од бугарската војска кај селото Бело поле, Џумајско. Останал на своето:„ Ние не сакаме да ја замениме турската тиранија, турските султани со други тирани, па ни со бугарска тиранија и бугарскиот кнез. Ние се бориме Македонија да стане автономна, независна, слободна држава, Македонија на Македонците!“.
Јане Сандански бил свесен дека деновите му се одброени и отворено говорел за тоа. Знаел дека многумина имаат причина да го ликвидираат, дека им пречи во остварувањето на нивните „повисоки цели“. Па, сепак, не сакал да се движи со придружба и заштита. Затоа и тргнал сам тоа утро на 21 април 1915 година од Роженскиот манастир за Неврокоп. По пат преспал во родното село Влахи, а следниот ден продолжил. Кај месноста Блатата, била поставена заседа и бил отворен огран врз него. Јане Сандански паднал од коњот и ја скршил ногата, а престрелката продолжила.
Нападот го извршила осумчлена група. Напаѓачите биле од неврокопската реонска чета на ВМРО на Тодор Александров. Еден од нив од зад грб го застрелал Сандански кој тогаш и според некои извори, организатор на убиството на Сандански бил Стојан Филипов, а како физички убиец се посочува Андон Качарков. Нив подоцна судот ги ослободил поради недостиг на докази.